CODIS utiliza dos índices para generar pistas para la investigación de delitos por los que se recupera la evidencia biológica de la escena del crimen. El índice de “condenados” contiene perfiles de ADN de personas condenadas por ciertos delitos que van desde asalto sexual a asesinato. Cada estado tiene diferentes "delitos" tipificados  para que personas condenadas deban presentar una muestra biológica para su inclusión en la base de datos de ADN. El índice forense contiene perfiles de ADN obtenidos de las pruebas la escena del crimen, tales como el semen, saliva o sangre. CODIS utiliza un programa informático para buscar de forma automática a través de estos índices de una sospechoso potencial.

Una combinación entre perfiles en el índice forense puede vincular la escena del crimen a la otra, y  posiblemente, la identificación de delincuentes en serie. Con base a estos "éxitos forenses," la policía en varias jurisdicciones o Estados pueden coordinar sus respectivas investigaciones y  compartir información.